>>2住宅ローン控除20万円だとします。

参考として、ネットで拾ってきたこのモデルケースを例に使いますね

年収500万円の手取り額は年収で約400万円
所得税や住民税、厚生年金や雇用保険などの社会保険料が給与から差し引かれるため、手取りで500万円がもらえるわけではありません。 年収500万円の人が支払う社会保険料は年間で約75万円、所得税は約13万円、住民税が約24万円です。

この人の場合所得税13万円なので住宅ローン控除20万円だった場合、年末調整で13万円全額戻ってきます
ここで控除しきれなかった7万円（20-7）は住民税のほうに充てられ、24万円だったはずの住民税が17万円になります

実際は保険料控除などもあるのであくまでも住宅ローン控除のお金の動きはこんな感じなんだなというイメージで見てください