大学側は数百人もの願書を受け入れるのだから、郵便局から届いた封筒を一時的に保管して順番に開封して行くことでしょう。
封筒サイズがバラバラだと保管の際に落としてしまったり開封し忘れというミスが発生しやすくなると思う。
学校側が指定しているのは理由があるはずなんでしょうから素直に従うべきでしょう。
それに願書送付に対して大抵の大学は、表書きは角2封筒に合ったサイズの、受験者名や必要書類が記載している印刷したものを角2封筒に貼り付けて郵送しますよね？それも受け付ける大学側が形式化と統一化をする事でミス無く事務処理をするためだと思います。
勝手に自己判断の変更は迷惑かと。