初めまして。最初から読ませていただきました。
急にコメント参加ですみません。

原因がはっきりしない不登校に陥るお子さんは多くなっていますよ。
そして子供は学校をいかなきゃいけない場所だと思っているので
行きたいけれど行けない理由を作ります。
お腹が痛い、気分が悪い、主に体調不良なのは一番通りやすいからでしょう。
特に中学生は義務教育だということと、中受組特有の「自分の意思で選んだ学校」とますます自分が追い詰められますね。
ただ体調が悪いと思うことで異変は生じるので辛くなっていきます。
そこはあえて触れずに心配して寄り添う方が
お子さんを安心させていくかと思います。

入試時、周りの雰囲気を見て自分の意思で受験してはいますがストレスは受けていると思います。周りでどこの中学がいいとか過去問がどうのと言っている先生や友達に合わせるのも辛かったでしょう。
中2なら受験期はコロナ禍ではないので入学したらこんな生活になると思い描いていた学生生活はあったと思います。文化祭や体育祭の活気とか。
でも入学が見えた途端、その全てが無くなりました。
通常なら入学直後からわいわいキャイキャイと新しい校舎で部活や
友達づくり、皆んなで環境に慣れる勢いがありますがありませんでしたよね。
先生も親も社会全体が落ち着いていませんでした。
私立のコロナ対策はしっかりしているので安心はできますが
強い第一志望ではなかったお子さんには、いい学校とは思うけど
特に嫌なこともないし、変な奴もいないけど、なんとなくクラスがあって
なんとなく進級しただけ・・・って何か他人事のような印象を持ったまま
2年になってしまったのではないでしょうか。
1年生。思い返せば学校にまともに何日通ったのだろうか？
別にそれでも2年になったし、という気力を奪われてしまった印象があります。
日々の些細な繋がりや小さな気分転換の積み重ねや発散がないまま
1年を過ごし、心が疲れてしまったかな？と。
それに片道40分は、小学校のような惰性で通える距離ではありません。

お子さんは今までの1年ちょい、自分で生きた実感が持てなかったから
高校や大学でリセットしたいと言っているように思います。