籍入れないで、それぞれの名字を名乗らせたらいいだけだよね。というか、もしそうなったら私は同じ小学校には入学させないで、我が子は近くの学校に入学させるけどね。
うちの市は、兄弟が別々の小学校に行ってる子とか送り迎えしてる子は全然いる。市役所にいったら申請可能だけど。