名前だけの観点なら、完全に名前を替えるよりも漢字をそのままで読み方を変える手続きなら簡単だと聞いたことがありますので役所に問い合わせてみるのも良いと思いますよ。
例えば一人だけ読み方を変えるのがかわいそうであれば、
例：雄太（ゆうと、たかと、たかひろ　など）
例：優太（まさひろ、ゆうと、まさたか　など）

クラスは学校に相談すれば、違うクラスにしてくれると思いますよ。