今回は残念でしたね。
参考になるかわかりませんが私は不妊治療していたので妊娠反応が出てから胎嚢胎芽確認、その後心拍確認出来るまでは婦人科に通院してました。先生に言われたのは心拍の確認が出来るのは6w3d過ぎてからとのことでした。主さんが6wでみてもらったなら心拍の確認はされていたのではないかと思います。そもそも心拍確認出来てないと母子手帳貰えなかったはずです。自治体によって違うかもしれないですが…。あと妊婦健診の補助券が使用出来るのは9w以降なので、その前に母子手帳を貰うようにと医師が言うのは普通のことです。こんな事言うと失礼かもしれないですが、医師は説明下手だったり変わっている人が多いのでその病院が合わなかっただけかもしれないですが、他の病院でもそんな感じの言葉足らずな先生は多いと思います。
ご自分で納得できる形で前を向けたらいいですね。お身体大事にして下さい。