旧人類は戦争で汚染された世界が浄化されるまで眠りについた。
その間世界を管理しつつ浄化されたら眠りを冷ましてくれる道具として新人類（ナウシカ達）を作っておいた。
新人類は浄化された環境では生きられないように作られていた。つまり蟲や腐海がなくなったら死ぬ。
それを知ったナウシカは眠っている旧人類を滅ぼし腐海と蟲達と生きる。

こんな感じ。
何が正義なのか？って立場によるよね。