>>357後を継いできた人達はみな何かしらの苦労はされてきたでしょうね。後継ぎの嫁だけでなく、昔は婿養子として男性が入る事も珍しくなかったですし。ある意味婿養子の方が責任という意味では重かった気もします。

先ほども言いましたが、義妹とっては実家なんですよ。両親の留守中にということは義妹は鍵を持っているんですよね？両親も知っているなら、それはその親子のことであって主が気にすることはないと思いますが。
主は嫁で義妹は娘。いくらよそに嫁いだ「嫁」とはいっても、自分と同じ「嫁」として見ていませんか？

「あがっていいよ」と言ったのは義妹のお子さんですか？確かに自分の家ではないのに「あがっていいよ」はおかしいですけど、自分のお爺ちゃん・お婆ちゃんの家にいとこが来た、という意味で「あがっていいよ」だったのではないですか？
主が同居しているならご立腹されるのも解りますが、義妹より遠方に住んでいて義家でたまにしか顔を会わさないとなれば、主親子も客人ですよね。お子様の「お邪魔します」は正しいです。

義妹は自分の母親を亡くしたんです。
主が色々と腑に落ちない気持ちは解りますが、いつまでも引き摺って仕返しを考えることは亡くなられた義母様も悲しく思われるんじゃないでしょうか。
いくら嫁いでいったとはいえ、義家と全く無関係ではないわけですよ？それなりの付き合いを上手くしていくのも主の役割じゃないでしょうか。