学校でストレスになるような事があるんじゃない？
私の知り合いの子が中１の始め頃そうなってた。
その子の場合、中学になって一気にやる事が増えるから(部活や学習面で)環境に精神的に追いつかなくて学校の日は朝になると腹痛や下痢になってたよ。
無理して学校行っても早退したり。
病院に行ってもストレスからこうなる場合も多いから、無理に行かせなくていいって言われたみたい。
その後徐々に良くなって一学期の終わり頃には治ってたけどね。
主さんの子も何か抱えているかもしれないから、話を聞いてあげたら？