ｱﾘｱﾘさん
遅くなって申し訳ありません。

違和感がある奥歯は上の歯でしょうか?下の歯でしょうか?

腫れを繰り返す場合、根本的な治療としては銀歯を外し、消毒をするわけですが
確かに膿を長期間放置すると抜歯対象になる事もあります。また膿の範囲が治療不可能な場合も同じです。

ただ、顎の違和感と直接的な因果関係があるかと言うと、レス上での判断ですので、はっきりとは申し上げられません。
痛みとして症状が出た場合、処置に入ると思いますが
あまり顎の違和感が続くようでしたら歯科医師にご相談いただくと安心かと思います。