不登校の娘への学校の配慮の仕方を相談しても大丈夫だと思いますか？

年々登校を渋る様になり、今年度 5年生から完璧にクラス外登校児になってしまいました。
保健室に直接行ったり、多目的教室に行く授業のみ参加したりとかです。
先生方のご配慮で給食は娘が仲良く出来る子達が別室で一緒に食べていてくれたみたいですが、1ヶ月程前からクラスの班のメンバーがローテーションで食べる様になりました。
先生と学校の目的としては、班には仲良しな子が1人以上はいますが他の子達とも少しずつコミュニケーションを取れるように。
クラスの他の子から娘の友達らだけ別室で食べるのがズルい・おかしいと意見が出たので平等にとの事でした。
でもこのやり方になってから娘は更に登校を渋る様になってしまいました。
変な質問を娘に聞いてきたり言ったりする子もいるそうで、それが辛いみたいです。
また娘が気付いた事なんですが、仲良しと思ってた友達数人が最近一緒にいても(別室に来てくれても)つまらなそうにしてるそうです。
先生から言われていませんが、たぶんこれもローテーションにした理由の一つだと思います。
娘が登校出来るようにまた戻してほしい気持ちは大きいんですが、やはり配慮してくれてるお友達達にも負担が大きくなっていったんだろうなぁと思ってます。
もうすぐ夏休みですが、このままの給食ローテーションだと夏休み明けたらまたもっと登校出来なくなりそうです。

学校側も娘だけに配慮できないのはわかりますが、元のやり方に戻してほしいと相談するのは図々しいでしょうか？
せめて夏休み明け数週間だけでも。