交通費実費ってことは実費を申請してくださいってことなので、変更があれば労働者が申請しないと変更されない会社なのでは？値上げはニュースにはなってるけど鉄道会社からあなたの会社に通知が行くわけではないから実費に変更があったことを把握してるのは本人だよね。

申請どうしたらいいですか？遡って差額支給されますか？って担当者に聞いてみるといいよ。