そのお子さんが着替えを保険室、トイレは教員の女子トイレとかじゃダメなのかな？
息子の同級生で性自認が女の子って子は学校の配慮でその様にしてましたよ
どちらも我慢する事なく不愉快になる事なく過ごしてました
担任だと話になりそうにないので学年主任や副校長と話すのは無理ですか？