高校生、担任から進学を諦めるように言われてきたようなんだけれど。

高1息子です。
勉強できません。
偏差値50の普通科、評定平均は3.2。90人中36番という悪さ。
文理選択の時期になり、個人面接があったのですが、息子が文系大学に行きたいと言ったところ、この成績では行ける大学はないよ、ハハハ。と笑われて、はい、次の人ー！と終わったと落ち込んで帰宅してきました。

たしかに息子の成績は悪い…
でも、学年では一応半分より前の成績であり、卒業生の進学率は99%の高校です。
うちの成績で進学諦めるレベルだと、同級生の半分は進学できないレベルの成績ということ…

高1の今の時期で、諦めろとまで言われてきた理由も分からず、親2人で驚いたのですが。息子の落ち込みようも半端ないです。
この真意、学校に相談すべきですか？それともまだ高1と見守っておくべきですか？