時短あっても減額されるところが多いと思うので、いい会社ですね。
ただ、やっかみみたいのはその上司だけじゃないと思ってた方がいいと思います…。
制度がなかった頃の女性社員とか、時短であることで負担がかかる周りの人間とか、兎に角風当たりは強いですよ。
気を強く持ってしがみついてください。