どちらの意味にも取れる言い方は、それこそ意志疎通が上手く成り立たないと思えば言い回しに気を付けるのは常識的なことだと思うんだけど。
この「大丈夫です」という言い方、このトピではレジ袋に対してだけど、他の物に置き換えて考えればおかしなやり取りに気付けるはず。
レジ袋だけに限らず、どちらにも取れる言い回しは相手を前に失礼な物言いとなる、という最低限の教養は身に付けておきたいよね。