私は褒め言葉と嫌味が混ざってると思います。
主さんの場合、近しい身内からなので褒め言葉ですね。ママ友とかに言われた場合は嫌味の時もあるかも。

私も5.3.1歳がいて一人目が手がかかる子で、下二人が手がかからない子です。一人目の時はよく泣く子で大変そうだねと沢山言われたし実際本当に毎日寝る暇もなく大変でした。下二人は手のかからない子だねと周りに言われますが、実際育児が楽になったので言われて嬉しい言葉です。主さんが育児大変なのもわかりますが、余所からみて大変そうな子は主さんの想像を超えるぐらい大変かもしれないですよ。自分の子は手がかからない子で良かったと喜んだ方がいいかも。