幼稚園で働いてたけど、園が全面的に悪いと思います。

お預かりにいないことに誰も気づいていない。
徒歩通園でしょうか。保護者に引き渡しできてない子が園から出る。
子どもが1人で園から出てしまう環境。

全部おかしいです。

親が子どもに言い聞かせたらいいとありますが、それも間違ってるわけではありませんし、保護者が伝えることは大切だと思います。
しっかりしてる子は今日お預かり、って認識してる子もいますが、年少さんでまだこの時期だと、例えばバス通園じゃないのにバスの列にまぎれこんだり、お預かりなのに声かけないと行けない、また、違うのについていってしまう子もいます。子どもがおかしいわけではありません。でも、必ず職員の誰かが気づきます。ご家庭ではありえないことや、幼稚園では予期しないことがおこったりします。それを未然に防ぐように徹底してるから、ほとんどの園で園児が1人で園外へでてしまうことを耳にしないのだと思います。

主さん大変でしたね。お子さん、何事もなくて本当良かったです。読んでるだけでぞっとしました。
改善する姿勢がみられなければ、他にも心配になりますね。