東京に詳しい方、教えてください！

４月頭の平日に、東京観光に一泊家族四人で行く予定です。
中学一年の男の子が楽しめるのメインで、下の3歳の妹も余り疲れないような旅行にしたいです。
行きたい場所は、スカイツリー、秋葉原、スクランブル交差点は絶対行きたいです。
行けたら行きたいのは、浅草、東京タワー、池袋サンシャインシティです。

ちなみにお兄ちゃんは、ラブライブなどのアニメ好きで秋葉原で楽しめるお店がないか知りたいそうです。
この場合、一日目をどこに行って二日目にどこにいけば効率がいいですか？
宿泊はどの辺りがいいですか？
それと、昼御飯や晩御飯で小さい子どもがいても比較的安くて美味しくて居づらくないご飯屋さんがあれば教えてください！この他にもオススメがあれば教えてください！
よろしくお願いします。