一金融機関ごとに1000万とその利息まで保証されますよ。1000万超える場合は、利息の低い預金(普通預金など)から優先して保証されます。
定期預金はキャッシュカードでは引き出しできないので、普通預金に入れておくよりはセキュリティー面でも安心だと思います。但し、総合口座の担保定期にすると、普通預金から残高以上出金できるようになってしまうので、担保定期にはしない方がより安全です