２年間泣きながら登園する息子

うちは母子家庭です。もうすぐ４歳になる息子の事で相談です。２歳になる少し前からから今の保育園に通わせてるんですが未だに大泣きしながら行ってます。通ってるなかで泣かないで行った日が数える程度です。特に友達と馴染めてない訳でもないし、先生にも問題はないと思うのですが行きたくないと言います。うちは認証保育で値段が高いので母子家庭の子が他にいない感じです。（公立の空きがなく当時はここに入れるしかなかったので途中で変えるのが余計にかわいそうなので、そのまま通わせてます）最近になって父親の存在を気にする様になったので、そのせいかなと思ったんですが、その前泣いてるので原因がわからなくて‥先生に聞いても園では楽しそうにやってますよ。と言われるだけで‥
同じ様な悩みを抱えてる方いますか？