今帰りの電車の中です。
色々と心配のコメントありがとうございます。

私が早退した後、上司から彼女に話をしてくれていました。
・うちの会社は働き方の多様性を認めているし、仕事より家族が大事なのは当然のことというスタンス、誰か休んだ時も残っている人への負荷が最低限になるようにしているつもり。もし私が早退することで極端に仕事が増えるならそれは部長である自分が悪いし直ちに改善する
・営業に聞きづらい雰囲気があるなら改善すべき。誰でどうして聞きづらいか教えてほしい
・自分で希望して本社に異動してきたのだからもっと部署内の色んな人とコミュニケーションしてほしい
こういうことを話したそうです。

彼女も正直に話したようで、
提出期限の過ぎた見積を忘れていて、客先から催促が来る前に片付けたかったけど仕様についてわからないところがあったらしく、でも営業に聞くと見積を出していないのがバレるので私に聞こうと思ったそうです。
保育園からの電話は、伝えたら私が帰ってしまうと思って故意的に伝えなかったそうです。
期限を過ぎても、営業は叱責しないし(信用はなくしますが)、確認に時間がかかるなら客先に猶予依頼してくれたりもするのですが、せっかく本社に来たのに営業から使えないと思われるのが嫌だったというところが大きかったようです。

泣いたのは、電話を伝えなかったことは良くないと自覚はあったけど私が怒る人だと思っていなかったので、怒られて本当にいけないことをしてしまったと思ったからだそうで、謝られました。

キツい言い方になってしまったことを私も謝りました。

今は少なくなりましたが、育休復帰してすぐの頃はよくお休み頂いて迷惑をかけていたと思います。
理解のある環境に甘えず、謙虚な姿勢を忘れないようにしようと思います。