うちの娘もそうでした。
おしっこはトイレで出来るのにウンチはわざわざ紙パンツに履き替えてしていました。
年少の半ばくらいの頃、ある日突然、保育園で初めてトイレで出来て、その日から普通に家でも出来るようになりました。
足が付かないと踏ん張れないし、怖くてトイレでウンチが出来ない子もいるみたいなので、踏み台を準備してみてもいいかもしれません。
その子なりのきっかけやタイミングで出来ると思うので、焦らず見守っていて大丈夫だと思います。