付き添い登校中

小5の娘は、2年生の時から行き渋りがひどく、5年の今も付き添い登下校をしています。学校に許可を取って下駄箱まで付いて行っています。
毎朝付き添うのは大変ですが、4年生の時は休むのも月に一度程度になり安心していました。
しかし、4月の末頃、いつもはいない教頭が校門前にいて、一人で行きなさい、と娘に言ってきました。私もいたので、それが出来てたら付いてきていない、と言い返してその日は一緒に登校しました。
しかし、それから行き渋りがひどくなり先週は1回しか登校できませんでした。その1回も早退しました。
学校に抗議をするのはおかしいですかしょうか。