うちは横浜だけど、2年に1度最低4泊の関西旅行に組み込んで車で行ってる。大阪2泊京都2泊みたいな感じで、USJは子どもの希望、京都は行ったついで。ちなみに子どもは小学生。
小学生ならともかく、よっぽどの電車好きじゃないと3歳に新幹線と電車はきついかもね。1度車で行くと楽すぎて、新幹線乗れなくなる。運転が苦じゃないなら車がおすすめ。