総務の仕事。困っています助けて下さい。

従業員100人以下の会社で総務をしています。総務とは言っても経理兼任で簡単に言えば雑用係。

先日パートさん（以下Aさん）が一人退職しました。
最終出勤日に作業服と保険証の返還の為に有給休暇最終日に会社へ来て頂くようにお願いしたら、快諾して頂けました。
来社された際に私の不手際と失念が発覚しました。
不手際は退職の書類がまだ完成していない事。
失念は有給休暇の申請書を提出して頂く事を忘れた事。

処理の都合上、どうしても有給休暇の申請書を提出して頂く必要があります。私の失念でお手数をかける事を詫びる内容の手紙を添付して申請書を郵送しましたが、返信頂けません。
Aさんに電話で話しをした所、以下のように言われました。
『私は御社の都合で解雇された。最終出勤日に提出する書類の確認をお願いしたら、無いと言われた。退職して御社との雇用関係は解消されている。半月以上も前の日付で書くのはおかしく思うし、文書の偽造にならないか。雇用関係が解消されているのになぜ休暇の申請書を書かなければいけないのか』と。

たしかに半月以上も前の日付を使うのはおかしい気もしますが、申請書が無いと有給休暇の処理が出来ず無給になるからと伝えても納得して頂けないんです。このままでは無給にするしか無くなります。
まだ退職の書類も作成できておらず、書類を催促されています。
毎日胃が痛く、困っています。
ご自宅を何度か訪問したら居留守を使われたり、一度警察に通報されてしまいました。通報には困りました。警官に何度話しても信じて貰えず、ストーカー扱いされました。