話し合えばわかりあえるという点ですが、我々大人はそんなことはないとすぐに結論を出せます。それは場数を踏んでいるからです。しかし息子さんはまだ中学1年生です。それに優しくてきっと思いやりのある子なんだと思います。だから女の子2人に絶大な信頼を得ているのです。
普通の中学生の男女はそこまでの強い絆はありませんよ。

息子さんは本気で分かり合えると思っているので別におかしいことではないです。

そこを否定しては息子さんの人格形成にも影響するのでやんわりと否定するほうがよいかもしれません。

他の回答者さんも言ってますが女の子2人も心配ですね。多分、本気ですよね。泣きながら私たちがこ○しますと普通の女の子はいえないですよね？
覚悟を感じます。

もし実行してしまったら友達3人の関係はどうなるのでしょうか。私も想像がつきません。
もう2度と離れることのない強い絆で結ばれるのか、息子さんが精神的におかしくなり、バラバラになってしまうのか。想像はしたくありませんね。

転校するかしないかは早急に判断する必要はないので3人を落ち着かせることを優先した方が良いと思います。