経理に詳しい方、通勤交通費について教えて下さい。

先月から働いている会社は、通勤にかかる交通費を現金で手渡しで貰います。
自分で定期を買って、その領収書を社長に出してお金を貰うという感じです。

今まで勤めたことのある会社はどこでも全て給与の中で「通勤交通費」として支給されていました。
こういうケースは初めてなのでびっくりしているのですが、普通ですか？
小さい会社だからでしょうか。
手渡しで貰うことで、何か不都合な事は無いのでしょうか。もしあったら教えてください。