私の知り合いは、１人目育休中に２人目妊娠したのに復帰&１人目保育園入園させて、復帰一か月で入院してそのまま出産してるよ。
しかも、１人目は保育園預けたまま２人目育休中。

あなたのが全然マシ。
社長の気持ちも分かるけど、しょうがないから気にしないでいいと思う。
退職のタイミングも自分で決めていいのよ。