マナー違反ではないですよ。
制服でも黒の服でもどちらでも間違いではありません。
幼稚園の制服だと色が気になったり、汚れるのが困ったりで動きやすい黒の私服にする事はよくあることです。特にお通夜や四十九日ならそのあとお食事があるからそうしたのではないですか？