現役経理です。
そんな意味のない嫌がらせしたことないけど…。ひどいですね。
対応策としては賃金台帳出してもらうのが一番いいと思います。
勤務日数も勤務時間も記載されてますから。

それを材料にして書き直してもらうか、それもしてくれないなら役所にその通りに言う。
実際の勤務を記載してもらえませんでしたと。