20歳の女子大生に言ったなら多少の下心を感じるのは分からなくもないけど、41歳の既婚者に言うのは単なる世間話、やる気アップさせようと気を遣っての事だわ。
「ありがとうございます」とはにかむか、「店長ももう少し可愛くなったらどうですか」とでも言っておけば？