うちは小二男の子ですが、主さんと同じ頃ありました！
授業中や登校前に腹痛を訴えて何度もトイレに行ったり、保健室に行ったり。

私も、このまま不登校になるんじゃないか？とか、かなり心配して悩んで参ってました。
でも、保健室の先生が、理解ある人だったので、いつも来ていいよ。居場所の１つにしたらいいと言われて気が楽になりました。

様子を見られてていいかと思いますが、担任や担任があてにならなければ学年主任等、連絡を取り合う方が良いかと思います。