税務署から未払いの電話がきた

個人事業主です。
昨日税務署から所得税(消費税)が納められていないと催促の電話がかかってきました。
しかし、確定申告もしており期限内に支払いは済ませていて領収書もあります。
その事を伝えて一旦電話を切りました。
暫くして折り返しの電話がかかってきて、納入確認がとれたとのことで、未納はあちらの間違いだったと言われました。
前は年金事務所で同じような事があり、不信感しかありません。
税務署ってこんなにいい加減なのでしょうか？
文句を言いたいけど黙っているしかないですよね。