まず、正確な名称について、日本珠算連盟（以下、日珠連）は正しいのですが、全国珠算連盟という団体は私の知る限り存在しませんので、全国珠算教育連盟（以下、全珠連）の事だと解釈させて頂き話を進めます。

その違いを説明するには、両団体の歴史的経緯や組織活動の方向性をお話しすれば良いのですが、質問の趣旨から外れますので、一般の方に最もわかり易い違いを述べますと、両団体が実施している検定試験制度が違う、という事です。

日珠連は、日本商工会議所珠算能力検定試験（以下、日商検定）１～６級の実施に関し、全面業務委託を受けている組織であり、日商や全国各地の商工会議所と深い関係を持つ珠算団体です。また、７～９、10級と段位認定試験、暗算検定試験は日珠連が独自に実施しています。

これに対して、全珠連は日商検定と一線を画した独自の検定試験を実施している珠算団体の一つです。この他に、独自の検定試験を主催している団体に全国珠算学校連盟（以下、学校連盟）があります。日珠連、全珠連、学校連盟が全国の三大珠算団体です。

次に、珠算検定試験問題の特徴という観点で述べますと、日商検定は難易度が高い検定であるといえます。計算する量が多いということです。一つの目安として、日商検定1級＝全珠連段位検定２段の実力といえます。２ランク日商検定が上と考えてよいでしょう。

これに対して、全珠連検定は種目の多さに特徴があるといえます。日商検定が、かけ算、わり算、みとり算の３つの種目を計算するのに対し、全珠連検定の準３級以上では、かけ算、わり算、見取算の他に、伝票算、暗算、応用計算の選択種目の中から１種目を選択して計４種目を計算します。

さらに、段位検定では開法という種目（平方根や立方根の計算）も選択種目に加わり、同じく計４種目を計算します。暗算検定や読上算、読上暗算検定、フラッシュ暗算検定（暗算能力コンピュータ検定）にも違いがありますが、ここでは省略します。この種目の違いこそが教室での指導科目の違いになる訳で、一概には言えませんが、指導科目が少ない日珠連の教室と指導科目の幅が多い全珠連の教室といえましょう。

一方、検定試験の社会的評価という観点から述べると、これは圧倒的に日商検定試験が高いと断言できます。その理由に、やはり日本商工会議所主催というネームバリューが大きいことが上げられます。

日本経団連や経済同友会と並んで日本の経済三団体である日本商工会議所の各種検定試験には準公的な試験という社会的評価がありますので、進学、就職の際の内申書、履歴書に記載できる珠算検定資格として最も評価が高いのです。

このことは、全珠連や学校連盟のそろばん教室で習う生徒の多くが、実は日商検定（特に１級）も受験しているという事実からも容易に理解できます。日商検定１級は、珠算学習者にとって、所属団体に関係なく是非合格しておきたい資格なのです。