甥っ子さんの逃げ道になるより、その親子がうまくいくようにクッションになってあげるといいんじゃないでしょうか？親が叱っているのに子どもが「主さんはもっと優しかった」なんて言い出したら親はさらに感情的になりそうですし。
甥っ子さんに「なんでママは怒っているのかなぁ？」「～したのがダメだったのかな？」とか。
妹さんに「◯君すごいね。友達の子はこんなことできないよ」とか。
甥っ子さんには妹さんのフォローを、妹さんには甥っ子さんのフォローをして親子がいい関係になるようにできればいいですね。

ちなみに、妹さんはひらがなが書けないことより一生懸命やってないことに怒ったんじゃないですか？