お金を先に出す後に出す等、店員さんにとっては当たり前な手順でも、お客様にとっては初めての事だったり当たり前ではない事も沢山あると思います。
手順は店員である主さんの方が正しいのでしょうがそれを当然として「何してるの、当たり前でしょ？」という態度をしてしまうのは接客として良くないと思います。
もし手順がお店のやり方と違っていたら「お先にお会計よろしいでしょうか？」とこちらから促してあげれば親切かと思います。