別にほっとけばいいんじゃない？
内申に響いて高校の選択肢が狭まるのも自分の責任だし。
中学遅刻だらけだからって社会人になって遅刻するとは限らないし。
遅刻するとどうなるか、遅刻とはどういことかを何度か話してあるのであればあとはほっとけばいいよ。遅刻しても登校はしてるんだし。
遅刻どうこうより、毎日笑顔で何かに挑戦したり励んだりする力をつけることが子供の人生において大事だと思うよ。