東京観光について

来週関西より車でディズニーランドに行きます。ディズニーで遊んで泊まった翌日舞浜から東京に向かって観光しようと思っていますが車は駐車場に置いてから公共交通機関で移動した方がいいですか？車で移動しその都度パーキング探すのは大変ですが？
行きたいところはスカイツリーとその周辺、明治神宮、靖国神社、新宿、渋谷のスクランブル交差点などです。
一日最大料金があっておすすめの駐車場知ってる方は教えてください。