不登校＝「やりたいこと以外やりたくない」に見えてしまいます。

起立性などであれば体調不良なので致し方ないと思います。
ただ、「なんとなく」だとか「気に入らない人がいる」なんて理由になるのでしょうか？
学習の妨げになるレベルで嫌がらせされているのならいじめではなく犯罪となると思います。
その場合は警察や弁護士事務所に行かないといけないはずです。
大体そういう子はフリースクールに行ってもダラダラ、高い金払って通信に行っても「行けない」と甘えているように見えてしまいます。
私が複数の男子からいじめられておもちゃを向けられたり毎日何度もきもいとかうざいと言われても卒業まで通いました。
通信でバリバリ勉強して高偏差値の学校に受かれるのでしょうか？
第一、学校程度で逃げるような人間が社会に出てやっていけるかというと無理な気がします。