ちゃんと時間分の休憩取らせないと違法になるよ。
派遣会社との契約でそうなってるはずなので、主の会社が契約違反になり、お互い面倒くさいことになるよ。
そうならないために派遣会社の方が気を利かせてちゃんと時間分の休憩を取るように言ってくれてるんだよ。