主さん、お優しいばかりにお辛い思いをされてるのですね…
主さんの仰る通り、上司だろうがたとえ肉親であろうが、主さんのご家庭の在り方に文句を言われる筋合いはありませんよ。

もし主さんが会社を辞める決断をした場合、上司は主さんが辞める時は何かしら言うでしょうが、上司もとい会社側には、主さんが辞める事を止める権利は全く有りません。

辞めるまでの期間、お小言や冷たい対応をされたらと気に病まれるかも知れません。
ですが今一度、主人さんの可愛らしいお子様のお顔を眺めながら、主さんが心安らかに育児を楽しむ環境を整える為には、どのようにすれば良いか？だけを考えてみてください。
自ずと答えが出てくるかと思いますよ^_^