本来はマイナンバーカードは身分証として使えるけど
裏面にマイナンバーの印字があるからそのマイナンバーを会社が預かってはいけないところが多くて懸念してるんだと思う
カードをコピーしたら黒く塗りつぶしたり、マイナンバーを隠した状態でコピーすれば良いけど、そんな手間かけるなら「マイナンバーカード自体うちでは不可」にした方が楽だからだろうね