多分良いように取られて食い違ってると思う。

娘さん：嫌ではないけど特段仲が良いわけでもない。先生に言われたからやってるだけ。断って悪印象を持たれるのも困る。

先生：不登校の子と仲良しなんでしょ？嫌がってるふうでもないし。だったら別に頼んでも問題ないよね？

ちゃんと伝えた方がいいと思う。