私も少食な子で、毎日のように掃除時間も午後の授業も教室の隅で立たされて食べてたよ。今思えば酷いよね。

でも学校行きたくないってこともなかったし、トラウマにもなってない。

お子さんが嫌がってなければ大丈夫なんじゃないかな。意外と自分で解決していくもんだよ。
ただ、様子見てて辛そうならすぐ担任に相談していいと思う。