一泊ですか？日帰りですか？
それによって見れる場所が変わると思います。
例えばスカイツリーに行きたい！
というのがあれば、スカイツリーの後ソラマチでお土産買ったり浅草寺周辺を散策したり。
東京タワー行きたい！というのがあれば、ちょっと電車移動しますが皇居周辺を散歩したりするのもいいと思いますよ。銀座も近いので歌舞伎座の周辺みたり、六本木方面には美術館もあります。
お台場周辺だと、船の科学館やレインボーブリッジ、うけ狙いでうoこミュージアムというポップな場所もあるのでお子さんの性格によりけりですが、好きそうであれば。
スカイツリー、東京タワー、お台場全部周りたい！というのはキツイと思うので、絶対ooに行きたい！というのを決めてからプランを作る方がいいです。