どうしても出席を取りたいなら、「教育を受ける権利」を前面に出して学校と話し合いをしていくしかないと思う。
教室に入れないなら別室で授業を受ける権利はあるのだから、そこは学校に考えてもらうしかないね。
学校側は「教室に入れないなら仕方ない、欠席だね」では対応としては間違っている。子どもの権利を拒否しているわけだし。
これで学校に話してみて、ダメなら教育委員会に同じように権利の話で持って行くと よほどアホな自治体じゃない限り動くと思うよ。
あと、学校と話し合いのときには録音の許可を取って録音をするのがお勧め。