私の息子が発達障害での味覚過敏で食べれるものが限られてました。
先生には給食食べなかったらそのままでいいと言ってあり、ご飯のみという時もあったので、帰ってきて何かを食べるという感じでした。
集団生活の中で少しずつ食べれるようになり、今では小学生ですが給食全部食べて帰ってこれるようになっています。

12時～2時間はさすがに異常なので、それは先生に聞いてみてはいかがでしょう？
本人にも給食は無理に食べなくていいと伝えて、先生にも給食を食べなかったらそのままでいい事と皆が終わった時に残ってても下げてください。と伝えてみてはいかがでしょうか？
給食の時に弁当を作ると今度小学校に入った時に毎日弁当になるのも大変なので、給食の形だけはとってもらい、おかずは一口のみにしてもらうとかが出来るならしてもらったらどうでしょうか？