行かせたい理由が授業の遅れ なら大丈夫だと思いますよ。
まだ小3なら親も教えれるし、全然取り返せる。
実は私自身小3の終わり～小4ほぼ不登校だったけど、特に授業フォローもしてなかったですけど普通に大学まで行ってます。
で、息子も小3の１学期不登校になりました。休んでる分しっかり自宅でチャレンジと、相談室登校してたのでテストだけ受けてました。まったく問題なかったです。

小3くらいって、早い子は心の成長の時期なのかな？と思う。周りの事を見れるようになったり、人の言葉の裏を感じるようになったり。
原因を解決してあげないと、娘さん行く気になれないと思うのでまずは勉強うんぬんより、娘さんの原因を取り除いてあげる事に尽力してあげて欲しいなと思います。

学校行きたくないって子供に言われるの本当にしんどいですよね。お母さんもしんどいと思いますが、頑張って下さいね。