分離不安？
幼稚園(保育園)の頃はどうでしたか？
私の知り合いで、お子さんが登校拒否になってしまった方は分離不安が強くて最初はその不安な気持ちを圧し殺して一人で登下校していたんだけどそのうち保健室で過ごすようになりその頃から登下校や授業もお母さんが付き添っていたんだけどどんどん登校出来なくなって完全に不登校になりましたよ。
無理にお母さんと離すのは止めた方がいいと思う。